Crossing Over stellt den zweiten Teil des Austauschs zwischen den SyFy-Produktionen Eureka und Warehouse 13 dar. Claudia (Allison Scagliotti) und Fargo bietet sich somit die Möglichkeit, ihren Flirt aus Warehouse 13 in Eureka fortzuführen – vor allem, da Todd mit Claudia Schluss gemacht hat. Steht dem freudigen Wiedersehen also nichts im Wege? Claudia: What’s up bitches? Nun, Claudias erster Auftritt stößt nicht auf Begeisterungsstürme von Allison (Salli Richardson-Whitfield), Jo (Erica Cerra) und Carter, die gerade den von Fargo (Neil Grayston) ausgerollten roten Teppich für Claudia bewundern dürfen. Carter ist sowieso mit ganz anderen Gedanken beschäftigt, die sich vorwiegend um Allison drehen – und um seinen Unmut gegenüber Dr. Grant (James Callis), der jede Sekunde benutzt, mit Allison zu flirten.

Und er ist nicht der einzige Hartnäckige in Eureka. Grace, Henrys (Joe Morton) Ehefrau in dieser Realität, zu der er sich hingezogen fühlt, möchte natürlich wissen, was sein komisches Benehmen in letzter Zeit zu bedeuten hat – vor allem seine Scheu vor dem Ehebett. Eureka schafft es auch mit dieser Episode, die Beziehungsprobleme der Zeitreisenden geschickt weiter zu flechten und vor unseren Zuschaueraugen auszubreiten.

Aber bevor man das Beziehungs-Crossing fortführt, muss Claudia Donovan eine GD-Führung machen: mit Douglas Fargo, dem Chef, höchstpersönlich. Wie wir wissen – und Fargo selbst weiß -, wenn er sich etwas vornimmt, geht es schief: One day of getting to look like I know what I’m doing, is that too much to ask for?! Anscheinend ja! Denn plötzlich beginnen Riesenbäume durch das komplette GD-Gebäude hindurch zu wachsen, ein altes Flugzeug taucht im Cafe Diem auf, und eine unbenutzte Patrone landet in Jos Brust.

Wie sich erweist, stammen all diese Objekte aus den späten Vierzigern des 20. Jahrhunderts. Das führt die Gedanken der Beteiligten zurück zu ihrer Zeitreise – und Henrys vor allem zu dem erfolgreichen Experiment vom Anfang der Episode, als er und der „Car Wash“ singende Grant an einer Wurmloch-Technologie bastelten. Unabsichtlich scheinen sie es dadurch ermöglicht zu haben, dass so genannte „exotic particles“ durch das Wurmloch kommen und als Magnete funktionieren, das heißt: Objekte aus der Vergangenheit „anziehen“. Die Gefahr: Eureka aus 1947 wird versuchen, Eureka aus 2010 zu verdrängen, was zur kompletten Vernichtung des modernen Eureka führen würde. Überdies scheint Dr. Grant so etwas wie ein Konvergenzpunkt für diese Teilchen zu sein, was tödliche Folgen haben kann.

Claudia, die für ihren ersten Eureka-Besuch Einiges geboten bekommt, gerät zusammen mit Fargo in ein plötzlich aufgetauchtes Minenfeld und der GD-Chef muss sie retten. Sein Lohn dafür: ein Kuss! Dabei fallen die beiden nach hinten… und Fargos Kopf drückt während des Küssens auf eine weitere Mine. In dieser ziemlich prekären Lage werden die beiden von Sheriff Carter (Colin Ferguson) gefunden, während Henry und Allison Dr. Grant retten und das ganze Crossing Over unterbinden. Ende gut, alles gut?

Die letzten Minuten dieser Episode zeigen uns, dass die Zeitreisenden ihr neues Leben nach und nach zu akzeptieren beginnen: Allison lässt sich von Grant zu einem Date überreden, Henry tanzt mit Grace, Carter und Jo sitzen mit Liebeskummer bei ihm zu Hause – und Fargo verabschiedet Claudia mit einem Kuss und einem Korb voller… Fargo. Fargo-Puppen, Fargo-Plakate und noch mehr Fargo-dies-und-jenes.